Ο Μιχάλης Κούτρης είναι απόφοιτοςτης Οδοντιατρικής Σχολής του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών.Το 2007 ολοκλήρωσε το τριετές μεταπτυχιακό πρόγραμμα εξειδίκευσης στον τομέα Oral Kinesiology στην Οδοντιατρική Σχολή ACTA του Πανεπιστημίου του Άμστερνταμ από όπου έλαβε και τον διδακτορικό τίτλο το 2013. Σήμερα μοιράζει το χρόνο του μεταξύ Ελλάδας και Ολλανδίας.
Στην Ολλανδία είναι μόνιμος επίκουρος καθηγητής στο τμήμα Oral Kinesiology της Οδοντιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου του Άμστερνταμ (ACTA), κλινικός συνεργάτης του τμήματος Νοσοκομειακής Οδοντιατρικής του Γναθοχειρουργικού Τμήματος της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου του Άμστερνταμ (AMC) και στην Ελλάδα διατηρεί ιδιωτικό ιατρείο και είναι επιστημονικός συνεργάτης της Κλινικής Αντιμετώπισης Στοματοπροσωπικού Πόνου της Οδοντιατρικής Σχολής του ΕΚΠΑ. Είναι μέλος του Ολλανδικού Συλλόγου Γναθολόγων (NVGPT), της Διεθνούς Εταιρίας Αντιμετώπισης Πόνου (IASP), της Διεθνούς Ομοσπονδίας για την Έρευνα στην Οδοντιατρική (IADR), μέλος του διοικητικού συμβουλίου της Ελληνικής Εταιρίας Στοματοπροσωπικού Πόνου και Εθνικός Αντιπρόσωπος της Ελλάδας στην Ευρωπαϊκή Ακαδημία Κρανιογναθικών Διαταραχών (EACD).
Είναι ιδρυτικό μέλος και πρόεδρος της επιστημονικής επιτροπής της Ευρωπαϊκής Ακαδημίας Στοματοπροσωπικού πόνου (EAOPD).
Από το 2016 είναι γραμματέας και ταμίας του Διεθνούς Δικτύου Στοματοπροσωπικού Πόνου (INfORM group, IADR). Το ερευνητικό του έργο έχει βραβευτεί τόσο στην Ολλανδία όσο και διεθνώς.
Συμμετέχει με δημοσιεύσεις σε επιστημονικά περιοδικά και με επιστημονικές εργασίες σε συνέδρια τόσο στην Ελλάδα όσο και στο εξωτερικό.